La composición del escudo de la Hermandad es el que sigue:
En el centro, figura la Custodia Sacramental con las siglas JHS en el interior de la Sagrada Forma; a ambos lados de la misma se sitúan dos óvalos: el de la izquierda contiene la Cruz de San Juan sobre fondo rojo (en alusión a nuestro Patrón, San Juan Bautista). El de la derecha, un corazón traspasado por siete puñales sobre fondo celeste (en alusión a los Siete Dolores de Nuestra Señora). Todo ello rodeado por el Collar de la Orden de Toisón de Oro presidido en la parte superior por la Corona Real. En la parte inferior, el Lema de la Hermandad («Ecce Agnus Dei, Qui Tollit Peccata Mundi», en Español, «Este es el cordero de Dios, que quita el pecado del mundo»).
El escudo es el distintivo propio de la Hermandad y es indispensable su presencia en el hábito de nazareno. Deberá aparecer como encabezamiento, junto con el título, en todos los documentos impresos y escritos que la Hermandad utilice, y en el sello corporativo.